Ilt er en forudsætning for artsmangfoldigheden, både på land og i havet. Hvis der opstår iltsvind, har det alvorlige konsekvenser for både dyr og planter.
Vandmassen i Øresund er fordelt i lag sådan, at det mere salte og tunge vand fra Kattegat flyder ned mod havbunden, mens det mere ferske vand fra Østersøen lægger sig ovenpå. Alt efter tilstrømningen af vand fra Østersøen bevæger strømmene i Øresund sig ofte mod nord. Vandmasserne bliver kun sjældent blandet sammen, og grænsen mellem de to vandlag benævnes saltspringlag eller haloklin.
Overfladevandet er ofte iltholdigt og næringsfattigt, hvilket bl.a. skyldes en høj produktion af plankton. Bundvandet er derimod iltfattigt og næringsrigt pga. iltkrævende nedbrydning af dødt organisk materiale. Hvis der blot er et tyndt lag vandmasse under en dybtliggende haloklin, kan det fremme iltsvindet i bundvandet.
En forøgelse af iltindholdet i det dybe vand kan kun ske ved, at der tilføres iltholdigt vand eller ved en vertikal sammenblanding, primært i forbindelse med kraftig vind.
Allerede ved et iltindhold på 3,5 ml pr. liter sker der en påvirkning af visse arter, og når iltniveauet når ned på ca. 2 ml pr. liter, dør mange stationære arter, mens andre forlader området. Når der ikke er mere ilt tilbage, ændres nedbrydningen af organisk materiale fra aerob (kræver ilt) til anaerob (kræver ikke ilt), ved at bakterier i stedet udnytter sulfat som iltkilde, og ved at der dannes svovlbrinte.
Svovlbrinte er direkte giftig for de fleste levende organismer og medfører, at bunden dør ud. Iltindholdet varierer i løbet af året og er som regel lavest i efteråret, inden efterårsstormene begynder at skabe cirkulation i vandet. Vandet ved bunden er stadig forholdsvis varmt om efteråret, og varmt vand frigiver mindre ilt. Samtidig er nedbrydningen af organisk materiale, som kræver ilt, høj i slutningen af vækstsæsonen.
Periodevis iltsvind i Øresund er ikke nyt. Der er imidlertid en risiko for, at iltsvindsperioderne kan øge i antal og i længde i de dybe områder, hvor saltspringlaget er mest stabilt. Tendensen til at vandtemperaturene stiger, vil kunne bidrage til at forringe iltforholdene i Øresund og de omgivende kystvande yderligere.